金沙江左岸自北而南是高大的雀儿山、沙鲁里山、中甸雪山；右岸对峙着达马拉山、宁静山、芒康山和云岭诸山。

金沙江山高谷深，峡谷险峻，除在支流河口处因分布着洪积冲积锥，河谷稍宽外，大部分谷坡陡峻，坡度一般在35°-45°，不少河段为悬崖峭壁。

金沙江流域上段部分位于青海省玉树藏族自治州境内。玉树素有“江河之源、名山之宗、牦牛之地、歌舞之乡”、“唐蕃古道”和“中华水塔”的美誉。长江、黄河、湄公河(即澜沧江)均发源于玉树。古为西羌牦牛种地，民国时期设置玉树、囊谦、称多3县，统由玉树行政督察专员公署管辖。

金沙江这一区域。由于“三江并流”地区未受第四纪冰期大陆冰川的覆盖，加之区域内山脉为南北走向，因此这里成为欧亚大陆生物物种南来北往的主要通道和避难所，是欧亚大陆生物群落最富集的地区。这一地区占我国国土面积不到0.4%，却拥有全国20%以上的高等植物和全国25%的动物种数。