乌鲁木齐有三个博物馆，分别是乌鲁木齐博物馆、新疆维吾尔自治区博物馆、新疆维吾尔自治区博物馆。其中乌鲁木齐地处中国西北地区、新疆中部、亚欧大陆中心、天山山脉中段北麓、准噶尔盆地南缘，毗邻中亚各国，是新疆的政治、经济、文化、科教和交通中心，世界上距离海洋最远的大城市，有“亚心之都”的称呼，是第二座亚欧大陆桥中国西部桥头堡和中国向西开放的重要门户，是世界上最内陆、距离海洋和海岸线最远的大型城市。

乌鲁木齐博物馆

馆舍是利用原有文庙古建设群改建而成，占地面积2800平方米，建筑面积1000平方米。该建筑是乌鲁木齐现存比较完整的唯一的清代风格庙宇建筑群。此庙原系上帝庙，监修于民国十一年(1922)，主祭上帝，配享孔子。乌鲁木齐市博物馆陈列充分反映了乌鲁木齐地方特色及文庙特点。初步成为一所综合性地方博物馆。该馆馆藏文物近70件、标本近百件。曾出版《乌鲁木齐文物简报》、《乌鲁木齐文物志》、《乌鲁木齐市博物馆简介》等。

新疆维吾尔自治区博物馆

位于乌鲁木齐市西北路132号，是省级综合性地志博物馆，是新疆维吾尔自治区的文物和标本收藏保护、科学研究和宣传教育机构。新疆维吾尔自治区博物馆于1959年正式成立，原馆初步设计是农业展览馆，为山字形平房建筑，1962年迁至现址改为博物馆并对外开放。“新疆维吾尔自治区博物馆”馆名是老一代革命家朱德委员长1959年来新疆视察工作时为题写的。2005年新馆建成，建筑面积17288平方米，地下一层、地上二层，主体高18.5米，该馆科研工作以馆藏文物为重点。

新疆地质矿产博物馆

它前身是新疆地质矿产陈列馆，1984年9月开馆，2002年由自治区拨专款新建并改为现名。新馆于2004年5月正式开馆，并被命名为首批全国百家科普教育基地之一。新馆建筑面积8400平方米，展出面积4600余平方米，收藏和展出的标本、模型约2万余件。博物馆每年定期举办科普知识讲座、青少年地学夏令营，并通过地球日、科普月、科普周等宣传活动普及科学知识，同时为爱国宗教人士和一些特殊身份的观众提供参观服务。