由28根金丝楠木大柱支撑,柱子环转排列,中间4根“龙井柱”,高19.2米,直径1.2米,支撑上层屋檐;中间12根金柱支撑第二层屋檐,在朱红色底漆上以沥粉贴金的方法绘有精致的图案;外围12根檐柱支撑第三层屋檐;相应设置三层天花,中间设置龙凤藻井;殿内梁枋施龙凤和玺彩画。祈年殿中间4根“龙井柱”,象征着一年的春夏秋冬四季;中层十二根大柱比龙井柱略细,名为金柱,象征一年的12个月;外层12根柱子叫檐柱,象征一天的12个时辰。中外两层柱子共24根,象征24节气。
皇乾殿这是一座庑殿式大殿,覆盖蓝色的琉璃瓦,下面有汉白玉石栏杆的台基座。它是专为平时供奉“皇天上帝”和皇帝列祖列宗神版的殿宇。神版均供奉在形状像屋宇的神龛里,每逢农历初一、十五,管理祀祭的衙署定时派官员扫尘、上香。祭祀前一天,皇帝到此上香行礼后,由礼部尚书上香,行三跪九叩礼再由太常寺卿率官员将神牌恭请至龙亭内安放,由銮仪卫的样铒抬至祈年殿内各相应神位安放,受祭,是平时供奉祈谷坛祭祀正位和配位神版的大殿。