广州水上巴士航线共有14条航线，是广州市继公共汽车、出租车、地铁后的第4套公交系统。根据航线不同、码头不同，每条航线的时间有所不同，其中s12线和s14线为定制发班，与其它航线不同。

S1线路航线时间：

金沙洲码头：07:00-18:00

黄沙码头：07:30-18:30

S2线路航线时间：

工作日07:00 08:00 17:00 18:00

S4线路航线时间：

西堤码头06:45-20:22

鳌洲码头06:52-20:30

S5线路航线时间：

第一段07:15-19:45

第二段05:45-22:00

S6线路航线时间：

06:00-22:00

S7线路航线时间：

天字码头06:45-19:00

纺织码头06:38-18:52

S8线路航线时间：

省总码头07:00-18:30

堑口码头07:08-18:38

S9线路航线时间：

白蚬壳码头07:00-18:30

白鹤洞码头07:10-18:40

S10线路航线时间：

鱼珠码头05:45-23:50

长洲码头05:45-24:00

S12线路航线时间：

定制发班

S13航线时间：

07:05-18:25

S14线路航线时间：

定制发班