南普院寺坐北朝南,依山面海而建,规模宏大,气势庄严,中轴线主建筑为天王殿、大雄宝殿、乐途殿、大悲殿、藏经阁;其中,天王殿位于寺院中轴线的最前端前殿正中供奉笑容可掬的弥勒佛,两侧立有怒目环视的四大天王,殿后有韦陀菩萨覆掌按杵而立,威武异常。
殿阁依山层层升高,层次分明,俯仰相应。东西两侧依次升高的回廊,回护三殿两侧,使之成为一个整体。大雄宝殿是整个寺院的中心,具有典型的闽南佛殿的特点,大殿正中供奉三世尊佛高大的塑像,殿后供奉西方三圣。大悲殿呈八角形三重飞檐,中间藻井由斗拱层层迭架而成,无一根铁钉,构造极其精巧;殿内正中奉祀观音菩萨,其余各面为48臂观音,造型优美、姿态多样;又因闽南信众均崇奉观音菩萨,所以此殿香火异常鼎盛。