上海博物馆东馆有四层是展览区域，其中两层用于办公、研究、对外交流、图书阅览等，还有另外两层设有封闭式库房。地下部分有两层，一层是设备用房、报告厅、多媒体厅、观众餐厅等，二层是停车场。在开放空间内还有文创展示、学术报告厅、150座的多媒体影院，各种不同的咖啡厅、图书馆、教室等。

上博东馆建成后，将与周边的上海科技馆、东方艺术中心、上海图书馆东馆、世纪公园等文化设施形成集群效应，成为花木行政文化中心的重要组成部分。与此同时，上博本馆也是上海人民广场文化核心功能区的重要文化地标，未来上博将坚持“一体两馆，两头并重”的发展方向。

上海博物馆东馆还将更加注重观众的参与感和参观体验。比如开放式的文物修复展示使得博物馆的日常后台工作得以呈现在公众眼前；同时更加注重发挥博物馆的教育功能，专门增设了针对青少年的体验空间；还将有更多的教室、图书阅览、数字影院等设施对公众开放。