南澳岛地理环境特殊，五股不同水系混合，所以海鲜种类特别多，已查明有鱼类700多种，虾蟹类40多种，贝类500多种、藻类近百种。鱼类有赤点石斑鱼（红斑）、鲑点石斑鱼（红斑）等，虾类有大蝼蛄虾（虾虱）、鼓虾（大脚鳌虾）、藻虾、水母虾、褐藻虾等。还有鱿鱼等。

由于南澳县地处闽粤交界，台湾海峡的西南口，又位于韩江口外，北回归线横贯南澳岛。岛屿多，礁盘多，涌升流强，周年多高温低盐的粤东排淡水、低温低盐的闽浙沿岸水、高温高盐的台湾暖流西支水、高温高盐的南海表层水、低温高盐的南海低层水这五股不同属性的水系的交汇影响，水中营养物质丰富、浮游生物特多。同时，不同的水系自有不同的生物种群，加上复杂的底质，于是形成了南澳海区的一个独特现象，即生物种群结构非常复杂，真可谓是一个不可多得的海洋生物世界博物馆。已查明有鱼类700多种，虾蟹类40多种，贝类500多种、藻类近百种。这里是鱼虾、贝类栖息、繁育、索饵的理想场所，也是很多鱼虾类洄游必经之地。

南澳的海鲜种类很多，鱼虾蟹，贝类，藻类，鱿鱼应有尽有。