泉州清净寺主要以参观游览为主，清净寺占地面积2184平方米，整体为石构建筑，仿照叙利亚大马士革伊斯兰教礼拜堂的建筑形式，具有伊斯兰教清真寺在功能空间上大分散、小集中特点。留存主要建筑为门楼、礼拜殿、明善堂等部分。

大门楼的外观是传统的阿拉伯伊斯兰教建筑风格。寺门后西侧为奉天坛，又称礼拜殿，是原穆斯林礼拜的地方。坛的屋盖于明代年间倒塌，现在仅存四围的石墙。西墙正中有一法拱形的高大璧龛，龛内刻有古阿拉伯文的《古兰经》经句，保存完好。拜坛两侧有6个尖拱宝盖状石龛，均浮雕着阿拉伯文。

“明善堂”在奉天坛的北面，是现在讲经的地方。“明善堂”屡修屡塌，现存建筑是近代改建的，是一座东西两落中国式的砖木结构建筑。据说，堂前那个精雕的宋代出水莲花香炉，原在“奉天坛”，后来“奉天坛”不能避风雨，教徒们改在“明善堂”做礼拜，这香炉也跟着移到了“明善堂”。